Penerbangan dengan rute Surabaya-Ambon berangkat dari Bandara Internasional Juanda menuju Bandara Pattimura, Kota Ambon. Penerbangan ini membutuhkan durasi waktu sekitar 4 jam 32 menit, mengingat ada perbedaan waktu dua jam antara Surabaya (UTC +7) dan Ambon (UTC +9).

Penerbangan dengan rute ini dilayani dua maskapai penerbangan, yaitu Batik Air dan Lion Air. Rute ini terbang setiap Senin hingga Minggu dengan tiga jadwal penerbangan setiap harinya.
Berikut jadwal penerbangan rute Surabaya-Ambon.
Nomor Penerbangan
Berangkat
Tiba
Frekuensi
Batik Air ID6174
07.35 WIB
12.05 WIB
Setiap hari
Lion Air JT786
09.00 WIB
14.50 WIB
Setiap hari via Makassar
Lion Air 880
22.25 WIB
06.15 WIB
Setiap hari via Makassar

Harga tiket pesawat untuk rute Surabaya-Ambon, berkisar Rp1 jutaan. Berikut daftar lengkap kisaran harga tiket pesawat Surabaya-Ambon untuk bulan Desember 2015.
Tanggal
Harga Tiket (Rp)
28
1.048.000
29
1.048.000
30
1.048.000
31
1.048.000

Sementara, berikut kisaran harga tiket pesawat rute Surabaya-Ambon untuk bulan Januari 2016.
Tanggal
Harga Tiket (Rp)
1
1.048.000
2
1.147.000
3
1.235.000
4
1.156.000
5
1.048.000
6
1.048.000
7
1.063.000
8
1.063.000
9
1.063.000
10
1.048.000
11
1.151.000
12
1.114.000
13
1.114.000
14
1.114.000
15
1.048.000
16
1.063.000
17
1.063.000
18
1.048.000
19
1.048.000
20
1.063.000
21
1.048.000
22
1.063.000
23
1.063.000
24
1.048.000
25
1.063.000
26
1.063.000
27
1.063.000
28
1.048.000
29
1.063.000
30
1.063.000
31
1.063.000

Perjalanan dari Surabaya menuju Ambon biasanya dipadati penumpang dengan tujuan bisnis atau pekerjaan. Selain itu, perjalanan ke Ambon juga sering ditujukan untuk pulang kampung.
Pasalnya, banyak warga Ambon, Maluku, dan Indonesia bagian timur lainnya yang mengadu nasib di Pulau Jawa. Sebagian besar dari mereka menuntut ilmu di sekolah-sekolah atau perguruan tinggi di Jawa. Sementara sebagian yang lain, mencari penghidupan yang layak.
Di samping itu, perjalanan ke Ambon juga sering digunakan untuk tujuan berlibur. Karena, Ambon dan Maluku memiliki beberapa objek wisata yang sangat menarik untuk dikunjungi, seperti Pantai Pintu Kota, Pantai Natsepa, hingga Nusa Pombo.