Penerbangan menuju ke Bandara Johor Bahru, Malaysia menuju ke Indonesia dapat dioperasikan melalui 3 Bandara, yakni dari Bandara Soekarno Hatta (CGK) di Jakarta, Bandara Juanda (SUB) di Surabaya, dan Bandara Kualanamu (KNO) di Medan. Penerbangan ini selanjutnya akan dioperasikan menuju ke Bandara Internasional Senai (JHB) di Johor Bahru.

Beberapa maskapai yang menyediakan armada pesawatnya untuk rute penerbangan Indonesia – Johor Bahru diantaranya adalah AirAsia, Malaysia Airlines, dan Singapore Airlines. Dari ketiga maskapai ini, adalah AirAsia yang tergolong paling murah harga tiketnya. Perbandingan Harga tiket pesawat ke Johor Bahru bisa Anda lihat pada tabel berikut ini :
Nama Maskapai
Rute
Harga Tiket (mulai)
Air Asia
Jakarta – Johor Bahru
Rp 1,5 jutaan
Surabaya – Johor Bahru
Rp 700 ribuan
Medan – Johor Bahru
Rp 600 ribuan
Malaysia Airlines
Jakarta – Johor Bahru
Rp 1,6 jutaan
Bandar Udara Internasional Senai (IATA: JHB, ICAO: WMKJ) yang berada di Johor Bahru semula dikenal dengan sebutan ‘Lapangan Terbang Antarabangsa Sultan Ismail’  dalam bahasa melayu, atau Bandar Udara Internasional Sultan Ismail. Sehari-harinya, Bandar udara ini melayani penerbangan di negara bagian Johor maupun di bagian selatan Semenanjung Malaysia.
Bandara ini sendiri merupakan 1 dari 4 hub AirAsia di Malaysia bagi Air Asia. Sedangkan untuk 3 hub AirAsia yang lain di Malaysia terletak di Bandara Internasional Kuala Lumpur, Bandar Udara Internasional Kota Kinabalu, dan Bandar Udara Internasional Kuching. Bandara ini kini dikelola oleh Senai Airport Terminal Services Sdn Bhd, yakni operator bandara independen pertama di Malaysia yang telah memisahkan diri dari Malaysia Airports Holdings Berhad pada tahun 2003 lalu.
Terkait dengan jadwal penerbangan pesawat di Bandara Internasional Senai adalah sebagai berikut :
Maskapai Penerbangan
Tipe Penerbangan
Tujuan Penerbangan
AirAsia
Lokal Malaysia
Kota Kinabalu, Kuala Lumpur, Kuching, Miri, Penang, Sibu
Asiana Airlines
Internasional
Charter: Seoul-Incheon
Citilink
Internasional
Surabaya
Firefly
Lokal Malaysia
Kota Bahru, Kuala Lumpur - Subang
Indonesia AirAsia
Internasional
Surabaya
Infinity Travel and Services Sdn Bhd (dioperasikan oleh Berjaya Air)
Lokal Malaysia
Charter: Ipoh
Malaysia Airlines
Lokal Malaysia
Kuala Lumpur
XpressAir
Internasional
Pontianak