Rute Penerbangan Surabaya Kupang dari Bandara Internasional Juanda Surabaya termasuk salah satu rute yang cukup ramai. Pasalnya, di Jawa Timur satu-satunya Bandara yang melayani rute ke Kupang hanyalah Bandara Internasional Juanda Surabaya.


Maskapai-maskapai yang melayani penerbangan rute Surabaya – Kupang antara lain adalah Citilink, Lion, dan Garuda Indonesia.
Penerbangan terbagi Surabaya Kupang berangkat pada pukul 6:25 WIB dan penerbangan termalam berangkat pada pukul 19:00 WIB. Durasi penerbangan pesawat Surabaya Kupang memakan waktu selama 2 jam 5 menit dengan estimasi tanpa keterlambatan yang diakibatkan oleh cuaca dan kondisi-kondisi lainnya.
Rute Surabaya Kupang tersedia  mulai hari Senin hingga hari Minggu. Penerbangan Surabaya Kupang biasanya dipenuhi oleh para wisatawan dari pulau Jawa, khususnya Jawa Timur yang ingin berkunjung ke Kupang, atau orang-orang yang memiliki urusan-urusan tertentu misalnya pekerjaan, pendidikan, bisnis, dan pemerintahan.
Berikut ini adalah Jadwal Pesawat Surabaya Kupang yang berlaku hingga 28 September 2016.

Durasi
Maskapai
Hari
Rute
6:25 am
→
9:30 am
Citilink Indonesia 9701
S-M-T-W-T-F-S
SUB - KOE
6:55 am
→
10:00 am
Lion 690
S-M-T-W-T-F-S
SUB - KOE
11:20 am
→
2:25 pm
Lion 692
S-M-T-W-T-F-S
SUB - KOE
6:10 pm
→
9:10 pm
Garuda Indonesia 448
S-M-T-W-T-F-S
SUB - KOE
7:00 pm
→
10:05 pm
Lion 696
S-M-T-W-T-F-S
SUB - KOE

Pesawat Surabaya Kupang juga tersedia dalam mode transit dari Bandara Internasional Juanda Surabaya ke Bandara Internasional Ngurah Rai Bali dengan maskapai Garuda Indonesia.
Harga tiket pesawat dari Surabaya ke Kupang tentatif sesuai dengan kepadatan penerbangan. Harga tiket pesawat Surabaya ke Kupang berkisar pada angka Rp.600.000 hingga 1 jutaan sesuai dengan musim penumpang yang sedang berlangsung.
Perbedaan waktu antara Surabaya dan Kupang adalah 1 jam. Waktu di wilayah di Surabaya 1 jam lebih awal daripada di Kupang. Untuk wilayah Surabaya adalah UTC +7, sedangkan untuk wilayah Kupang adalah UTC +8 dan waktu setempat sekarang.